Eine zentrale Rolle im Verbundsystem Bevölkerungsschutz spielt das Führungsorgan. Es übernimmt die Koordination und die Führung, wenn mehrere Partnerorganisationen während längerer Zeit gemeinsam im Einsatz stehen.

Es ist die Aufgabe von Kanton und Gemeinde, ihre Risiken und Gefahren zu kennen und entsprechende Vorkehrungen zu treffen. So richtet sich auch die Organisation des Zivilschutzes nach der Gefährdungsanalyse sowie nach topographischen Gegebenheiten und Strukturen in einem Kanton, einer Region oder einer Gemeinde. Die Organisation kann also unterschiedlich sein.

Dabei legen die Kantone und Gemeinden im Rahmen des zur Verfügung stehenden Rekrutierungspotentials den Personalbedarf fest. Die Personalbewirtschaftung und -kontrolle ist Sache des Kantons.
Grundsätzlich wird von folgendem Organisationsmodell ausgegangen.